シミュレーションパート+イベント形態です。プレイヤーはネオスフィア復興のためアイテムの開発→生産→売り込みを繰り返すことになります。特定アイテムの生産、イベントを発生させたか否か、イベント中の選択肢、街の復興度によってシナリオが条件分岐します。
1日は朝、昼、夜の3ターンからなります。プレイ期間は1週間=7日、1ヶ月=4週間=28日で5/2から4/28までの1年間です。
ゲーム中はプロスペロ発明工房内でアイテムの基礎研究、アイテム作成、アイテムの使用、組み合わせ研究、造成、アドバイスを聞く、アイテム一覧を見る、寝ることが出来ます。また街中ではアイテムの売り込み、アイテムの購入、公共施設の建設申請、採集が出来ます。一部の行動は特定イベント発生後に可能になります。
このうちターンを消費するのは基礎研究、組み合わせ研究(1ターン)、アイテム作成(アイテム毎に決まっている期間)、寝る(強制的に翌日の朝になる)、造成(1ターン)のみであり、アイテムの使用や売り込み、購入、採集などでは時間は経過しません。また、イベントで時間が経過することもありません。
ナノカにはひらめき、体力の2つのパラメータ、ならびに現在の所持金があります。ひらめき、体力はそれぞれアイテムの研究の研究度増加値、アイテム作成の成功率に関係します。
ひらめき、体力とも1〜20で、4ごとに表記、効果が変わります。ひらめきは1ターン研究する毎に、体力は1ターン作成する毎に1ポイント減ります。
「もう寝る」コマンドを使うといつ使ったかによらずひらめき、体力とも+8されます。夜のターンに1ターンかかる行動をとって睡眠状態になると+4されます。夜のターンのうちに終わらない行動をとってしまうと回復しません。ただしこの自然回復ではひらめき、体力ともに12までしか上がりません。
アイテムを使用するとアイテム毎に設定された値だけひらめき、体力が増加します。
ひらめき
| 17〜20 | ぎんぎんです！ | アイテム研究度＋２ |
| 13〜16 | さえてるよ♪ | アイテム研究度＋１ |
| 9〜12 | ふつうかな | |
| 5〜8 | ・・・・う〜ん | アイテム研究度−１ |
| 1〜4 | ・・・・さっぱり〜 | アイテム研究度−２ |
| 17〜20 | びんびんです！ | アイテム作成率＋10% |
| 13〜16 | 快調だよ♪ | アイテム作成率＋5% |
| 9〜12 | いいみたい | |
| 5〜8 | ・・・・疲れぎみ | アイテム作成率−5% |
| 1〜4 | ・・・・ぐったり〜 | アイテム作成率−10% |
街には各エリア毎に復興資金、農業、工業、商業、観光の各パラメータ、人口、復興度があります。復興資金は街の人口や復興度に応じて毎月頭に増え、そのエリアにアイテムを売り込むとアイテムの値段分消費します。各パラメータはそのエリアに建つ建物の種類に影響します。復興度はエリアに建っている建物の数に関係します。
その他公共施設建設資金があり、毎月頭に(恐らく全エリアの人口や復興度に応じて)増え、公共施設の設立申請をすると消費します。
プロスペロ発明工房では基本的にアイテムの基礎研究、アイテム作成、アイテムの使用、造成を行うことになります。
基礎研究は所持しているアイテムに対してしか行うことが出来ません。研究対象アイテムは作成するか購入、採集する必要があります。研究は1ターンかかり、研究したアイテムの研究度がランダムで1〜3上がります。ナノカのひらめきの値に応じてさらに最大で±2されます。ただし、最低でも1は上昇します。研究度がアイテムによって定まった値に達すると研究が終了し、新アイテムの作成レシピを入手できます。
アイテム作成はフライス盤(手作り)、太陽炉、高速炉、増殖炉のいずれかで行います。太陽炉以降はそれぞれの炉を作成し、設置してからでないと使えません。また、対応する燃料パックを1回作成するたびに1個消費します。各アイテムには作成の成功率、作成期間、作成個数が決まっていて、成功すると作成個数分アイテムが完成します。失敗時は少ない個数が出来たり完全に出来なかったりします。成功率はナノカの体力の値に応じて最大で±10%されます。また、アイテムを作成すると成否に関わらずそのアイテム作成の成功率が+5%されます(最大100%)。作成期間は手作り＞太陽炉＝増殖炉＞高速炉の順で短くなります。増殖炉は太陽炉と同じ時間、材料で2倍の個数が作成できます。
造成は7月半ばの暴走ゴーレム退治のイベントをこなし、テンザンが工房に戻ってきてから可能になります。街中のいずれかの廃墟もしくは大きな廃墟1箇所を撤去し、建物が建てられるようにします。パッチ1.2より前の状態だと全ネオスフィア中から1箇所がランダムで選ばれますが、パッチ1.2を当てるとエリアが選べるようになり、そのエリアの中から1箇所がランダムで選ばれます。造成には1ターンかかります。特に夜造成してしまうとそのまま翌日になり、民間の建物が建ってしまい公共施設が建てられなくなる可能性がありますので注意しましょう。なお、廃屋は造成できません(イベント、期日で無くなります)。
アイテムの使用は持っている食物系アイテムのうち使用可能なものを使用し、ナノカのひらめき、体力を回復させます。アイテムの使用にはターンは消費せず、同時にいくつでも使うことが出来ます。寝ると強制的に翌日の朝になります(イベントは発生します)が、ひらめき、体力が回復します。
ネオスフィアはいくつかのエリアに分かれており、エリア間移動→エリア内での行動という順で行動します。いくつかのエリアはゲーム開始時には行くことが出来ず、特定のイベントの後で選択可能になります。ゲームが進むと行けなくなるエリアもあります。エリアにはアイテムの売り込み、購入が可能なエリア、採集が可能なエリア、その他のエリアがあります。アイテムの売り込み、購入が可能なエリアには農業、工業、商業、観光の各パラメータの増加率が設定されており、工業が得意なエリアや観光が得意なエリアなどの特徴付けがされています。
アイテムの売り込み、購入、採集、イベントの発生等、街中での一切の行動はターンを消費しません。採集は1つの場所では1日に1回しか行えません。
アイテムを売り込むと、そのエリアのパラメータがアイテムで設定された値Ｘエリアの補正値(端数切捨)分上昇し、ある程度上昇すると増加量に応じた店が建造されます。
アイテムの売り込み、購入が可能なエリア
| エリア | 略称 | 農業 | 工業 | 商業 | 観光 | 備考 |
| ウォール・サイド | WS | 0.8 | 0.9 | 1.0 | 1.0 | プロスペロ発明工房がある |
| サウス・タウン | ST | 1.0 | 0.9 | 1.0 | 0.9 | |
| ノース・タウン | NT | 0.9 | 1.5 | 1.0 | 0.8 | |
| セントラル・タウン | CT | 1.0 | 1.0 | 1.1 | 1.0 | |
| グリーン・サイド | GS | 1.0 | 1.0 | 1.0 | 1.0 | |
| ネオスフィア港 | NX | 0.8 | 0.8 | 1.2 | 1.2 | キャラット商会が出来る |
| ノース・ファーム | NF | 1.5 | 0.8 | 0.9 | 1.0 | 6月のイベント後に行けるように |
| イースト・サイド | ES | 0.9 | 0.8 | 1.2 | 1.5 | イベント後に行けるように。ホテルハンプデンズが出来る |
| サウス・ファーム | SF | 1.5 | 0.8 | 1.0 | 1.2 | ウカーヴユニット作成後に行けるように |
| エリア | 採集できるもの | 備考 |
| 神祖の船 | ウカーヴ線 Ｅマテリアル 鉄の塊 ゴーレムの残骸 | 6月のイベント後に行けるように。神祖の船修理イベントの完了、もしくはワンダーランド設立後は行けなくなる |
| ツェルト山 | 砂利 野鶏 野羊 野牛 ネオスフィアカイコ セン豆 | 7月のテンザン復帰イベント後に行けるように |
| スバイル湖 | ケミカルフィッシュ 蜜蝋 ワサビ スバイル湖の水 ネオスフィアカイコ | 7月のテンザン復帰イベント後に行けるように |
| ニュー・ロック | 砂利 木材 石材 Ｅマテリアル 鉄の塊 | ウカーヴユニット作成後に行けるように |
| 王立学園 | 土 草 苗木 ハーブ | 8月のノキの遅刻イベント後に行けるように |
| ワンダーランド | 砂利 太陽炉燃料パック 高速炉燃料パック 増殖炉燃料パック セン豆 | ワンダーランドを建設すると行けるように |
| 下部ブロック | ウカーヴ線 Ｅマテリアル 鉄の塊 ゴーレムの残骸 | ファイアフォックスルートのエンディング直前のみ |
| Ｅサークル | 砂利 野牛 野豚 野羊 リターン・カツオ シバ・シュリンプ 東洋のお魚 ハラマンディ | 1回500ベルク |
エンディングはファイアフォックスルート(movie2ルート)、元老院ルート(movie3ルート)の2種類のイベントエンドの他、イベントが起こらず街の発展度による通常エンドがあります。
イベントエンドは4/1の時点で必要なイベントを全てこなしていると入れるようですが、ファイアフォックスルートと元老院ルートの区別は発展度に関係するようです。発展度が高いと元老院ルート、低いとファイアフォックスルートになります。
通常エンドはどちらのイベントエンドルートにも入らなかった場合で、発展度に応じて大復興エンド、農業都市エンド、工業都市エンド、農業都市エンド、観光都市エンド、バッドエンドに分かれます。通常のグッドエンドの場合エンディングにMY SAVIORが流れます。
その他特殊なイベントバッドエンドが存在します。最初のエリンシエのアカハナ&アオヒゲ修理の依頼に失敗するとそのままゲームオーバーです。